Profilage chimique de métabolites secondaires bioactifs du champignon Trichoderma reesei

Pour répondre aux défis du domaine de l’énergie, IFPEN propose aujourd’hui un procédé qui permet de produire de l’éthanol à partir de biomasse lignocellulosique. Un cocktail d’enzymes produit par le champignon filamenteux Trichoderma reesei est alors mis en œuvre lors de l’étape d’hydrolyse enzymatique de ce procédé.L’ingénierie génétique de ce champignon est une des solutions qui a permis ces dernières années d’optimiser le coût de cette étape d’hydrolyse. Dans la continuité de ces études, la question du potentiel des métabolites secondaires produits par ce champignon doit se poser aujourd’hui. IFPEN dispose d'un catalogue de sécrétomes obtenus à partir de différentes souches dérégulées et mises en culture dans différentes conditions. Ces modifications ont pu conduire à l'expression de gènes silencieux et conduire à la synthèse de métabolites secondaires non décrits. L’objectif de cette thèse est de proposer une méthodologie analytique qui permette d’obtenir un profilage chimique des mélanges complexes que sont les sécrétomes de champignon à disposition. Compte-tenu de la complexité de ces mélanges un couplage de méthodes séparatives successives avec la spectrométrie de masse haute résolution devra être développé. Différents types de couplage mettant en œuvre chromatographie en phase liquide, supercritique et mobilité ionique seront évalués et comparés. Des outils de bio-informatique et notamment la génération de réseaux moléculaires et des approches statistiques seront mis en œuvre en vue d’exploiter de manière approfondie, pertinente et automatisée, les données issues des analyses multi-dimensionnelles. Des moyens de caractérisation analytiques et de traitement des données performants seront ainsi développés pour disposer d’une connaissance détaillée et inédite des sécrétomes issus du champignon Trichoderma reseei et contribuer ainsi au développement de nouveaux produits dans le domaine des nouvelles technologies de l’énergie. 

Mots clefs : Chromatographie en phase liquide, en fluide supercritique, Mobilité ionique, Spectrométrie de masse haute résolution, Métabolomique, Champignon Filamenteux, Bio-informatique, Epigénétique.

• Directeur de thèse    Dr TOUBOUL David, CNRS, Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Université Paris-Saclay, UPR 2301, 91198 Gif-sur-Yvette.
• Ecole doctorale    ED n°471 Molécules, Matériaux, Instrumentation et Biosystèmes (2MIB) – Université Paris-Saclay (https://www.universite-paris-saclay.fr/ecoles-doctorales/sciences-chimiques-molecules-materiaux-instrumentation-et-biosystemes-2mib)
• Encadrant IFPEN    Dr Agnès LE MASLE, Pole Analyse Moléculaire, agnes.le-masle@ifpen.fr
• Localisation du doctorant    IFPEN Lyon, France/ICSN Gif-sur-Yvette, France
• Durée et date de début    3 ans, au cours du quatrième trimestre 2022
• Employeur    IFPEN Lyon, France
• Qualifications    Master chimie analytique, Ingénieur chimiste
• Connaissances linguistique    Bonne maîtrise de l’anglais
• Autres qualifications    Bio-informatique, goût prononcé pour le traitement de données