Améliorer le fonctionnement des bioraffineries 2G : Développement d’une approche par consortia

A travers différents programmes de recherche, IFP Energies nouvelles s’implique aujourd’hui fortement dans la mise au point de procédés de production de biocarburants et d’intermédiaires chimiques biosourcés, à la fois par voie chimique et par voie biologique. L’écrasante majorité des produits biosourcés issus de fermentation sont obtenus aujourd’hui par une approche de monoculture microbienne. Cependant, cette approche se heurte à des limites lorsqu'il s'agit de biotransformations complexes. Par ailleurs, à l’échelle industrielle, les fermentations ne peuvent être menées en conditions parfaitement aseptiques. Les bioprocédés sont donc régulièrement sujets à des contaminations chroniques ou aiguës. Pour pallier ces contraintes, de nombreuses recherches se tournent désormais vers l’identification et l’optimisation des conditions de cultures de combinaisons de souches permettant d’augmenter la robustesse des bioprocédés face aux contaminations extérieures, mais également de favoriser des phénomènes de synergies métaboliques entre les différents acteurs microbiens. Dans une optique d’amélioration de la conversion de la biomasse renouvelable, la présente offre de thèse se propose d’évaluer le potentiel de diverses co-cultures dans l’obtention de produits intéressant la bioéconomie. Pour ce faire, le ou la doctorante mettra en œuvre au laboratoire les différentes méthodes nécessaires à l’étude de micro-organismes, seuls ou en co-cultures, avec pour objectif d’améliorer un procédé de production d’un métabolite d’intérêt pour la chimie biosourcée. Des analyses méta-omiques (métranscriptomique et métabolomique) seront également déployées afin d’améliorer la compréhension des mécanismes complexes régissant les interactions microbiennes. Le ou la candidat.e retenue devra avoir un niveau ingénieur et/ou master recherche avec une spécialisation en biotechnologie et microbiologie. Il devra également avoir des compétences en analyse de données et en bioinformatique.

Mots clefs: biotechnologie, co-culture, éthanol, analyses multi-omiques

• Directeur de thèse    Dr. Fadhel BEN CHAABANE, IFPEN, ORCID: 0000-0002-6725-1061
• Ecole doctorale    ED581 ABIES, Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé
• Encadrant IFPEN    Dr. Simon POIRIER, Département Biotechnologies, simon.poirier@ifpen.fr, ORCID: 0000-0003-0669-5117
• Localisation du doctorant    IFP Energies nouvelles, Rueil-Malmaison, France 
• Durée et date de début    3 ans, début au cours du quatrième trimestre 2022
• Employeur    IFPEN
• Qualifications    Master en biotechnologie industrielle
• Connaissances linguistiques    Bonne maîtrise du français indispensable, anglais souhaitable
• Autres qualifications    Connaissances en microbiologie, écologie microbienne et analyses de données (R)