Afin de réduire l’impact environnemental du transport et de l’industrie chimique, IFP Energies nouvelles s’investit dans la bio-raffinerie, en développant des procédés et voies de synthèse pour produire à partir de ressources renouvelables des biocarburants et des intermédiaires chimiques biosourcés. La transformation biochimique de la biomasse en sucres simples utilise des enzymes produites par Trichoderma reesei. Comme pour les autres champignons filamenteux, les outils génétiques sont peu développés pour T. reesei, ce qui limite nos capacités de modification génétique. Mais le développement de nouveaux outils nécessite d’améliorer notre connaissance de la structure des chromosomes des champignons.
Dans le cadre de ce projet de thèse, nous chercherons tout d’abord à mieux comprendre comment sont maintenus les chromosomes de champignons. Les techniques de Repli-Seq et de ChIP-Seq seront utilisées pour identifier précisément l’emplacement des origines de réplication et des centromères. Les données fondamentales générées serviront à terme au design de nouveaux chromosomes artificiels. En parallèle, nous utiliserons des méthodes récentes issues de la biologie synthétique, comme CRISPR/Cas9, pour générer un mini-chromosome et étudier comment il est maintenu au cours du cycle de développement du champignon. Cette thèse s’inscrit dans le cadre d’un projet ANR : des études similaires seront réalisées en parallèle chez d’autres champignons modèles et les résultats seront confrontés.
Les candidats auront une solide formation en biologie moléculaire et en ingénierie génétique. Une expérience en manipulation des champignons filamenteux ou en biologie synthétique serait un plus.
Mots-clés : Biologie moléculaire, biologie synthétique, chromosome artificiel, Repli-Seq, ChIP-Seq, centromère, champignon filamenteux, Trichoderma reesei.