Modélisation métabolique de Clostridium acetobutylicum pour la valorisation de la biomasse

A travers différents programmes de recherche, IFP Energies nouvelles s’implique aujourd’hui fortement dans la mise au point de procédés de production de biocarburants et d’intermédiaires chimiques biosourcés, à la fois par voie chimique et par voie biologique. 
Les voies biologiques – en particulier les approches de biologie synthétique – nécessitent une connaissance approfondie des micro-organismes qu’elles emploient. La compréhension du métabolisme de Clostridium acetobutylicum, l’un des micro-organismes modèles utilisés à IFP Energies nouvelles, a fortement progressé au cours des dernières années grâce au développement d’outils génétiques de pointe, en particulier CRISPR-Cas9. Les connaissances acquises peuvent désormais alimenter des modèles métaboliques in silico permettant de prédire l’effet de modifications génétiques sur les capacités fermentaires du micro-organisme, en particulier pour la réorientation de ses voies métaboliques vers la formation de produits chimiques biosourcés d’intérêt.
La présente thèse se propose d’enrichir le modèle métabolique existant le plus avancé à l’aide de techniques omiques de pointe et de connaissances nouvellement acquises. Les outils d’édition génétique disponibles permettront de valider l’approche employée, tandis que leur combinaison avec de nouveaux outils mis au point lors de la thèse permettra de faire la preuve de concept de la capacité à réorienter le flux de carbone dans ce micro-organisme, avec pour objectif la production de métabolites d’intérêt pour le domaine de la chimie biosourcée. Le (la) candidat(e) retenu(e) devra avoir un niveau ingénieur et/ou master recherche avec une spécialisation en biotechnologie, microbiologie et/ou bio-informatique.

Mots  clefs: Génie génétique, Microbiologie anaérobie, Fermentation, Clostridium, Modélisation métabolique

• Directeur de thèse et encadrant IFPEN   Dr François WASELS, ORCID : 0000-0002-4641-0270
• Co-directeur de thèse    Prof. Philippe SOUCAILLE, INSA Toulouse, ORCID : 0000-0002-1724-7136
• Ecole doctorale    ED 581 ABIES, Université Paris Saclay
• Localisation du doctorant    IFPEN, Rueil-Malmaison, France
• Durée et date de début    3 ans, début au cours du quatrième trimestre 2024 (4 novembre)
• Employeur    IFPEN
• Qualifications    Niveau Bac +5 et issu d’une formation ingénieur ou universitaire avec une spécialisation en Biotechnologie, Biologie Moléculaire ou Génie Biologique.
• Connaissances linguistiques    Anglais niveau B2 (CECR)    
• Autres qualifications    Une première expérience professionnelle (CDD, CDI) dans le domaine de la recherche serait un plus. Compétences en microbiologie, biologie moléculaire, génétique et bioinformatique. Des connaissances en programmation (Python, MATLAB, R) et en génie fermentaire seraient un plus.  

Pour postuler, merci d’envoyer votre lettre de motivation et votre CV incluant vos références à l’encadrant IFPEN indiqué ci-dessous.